Setelah melarikan diri dengan nekat dari Museum Memori, Sayaka Miki kembali ke Kota Mitakihara dengan berita yang meresahkan. Bingung dengan apa yang telah dipelajarinya, Sayaka mengungkapkan kepada Madoka Kaname dan Homura Akemi keberadaan Mami Tomoe namun yang lebih penting kebenaran yang meresahkan di balik keberadaan para gadis penyihir. Meskipun menyadari nasib buruk yang menanti mereka, ketiganya segera memutuskan untuk bekerja sama dan menyelamatkan Mami untuk selamanya.

Sementara itu di Kota Kamihama, Yachiyo Nanami memburu berbagai “rumor” untuk mencari Hotel Fendt Hope, markas Wings of Magius. Organisasi gadis penyihir tersebut adalah satu-satunya petunjuk Yachiyo dalam menemukan Iroha Tamaki, yang kepergiannya masih diselimuti ketidakpastian. Bertekad untuk menyatukan kembali Tim Villa Mikazuki, Yachiyo bersumpah untuk menghancurkan Wings of Magius dan menghentikan rencana licik mereka.

Di tengah situasi yang bergejolak, sebuah ancaman dahsyat mendekat, menghadirkan konflik mengerikan yang akan membahayakan seluruh dunia.